Theo đó, bổ sung hướng dẫn về việc cơ quan hải quan không thu thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu trong trường hợp nhập khẩu hàng hóa đã xuất khẩu nhưng bị phía nước ngoài trả lại, cụ thể bổ sung thêm điểm g khoản 7 Điều 5 về các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng. Sửa đổi, bổ sung khoản 4 Điều 7 về giá tính thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm, hàng hoá, dịch vụ tiêu dùng nội bộ, cụ thể:

         “Hàng hóa luân chuyển nội bộ  như hàng hoá được  chuyển kho nội bộ, xuất vật tư, bán thành phẩm,để tiếp tục quá trình sản xuất trong một cơ sở sản xuất, kinh doanh hoặc hàng hoá, dịch vụ do cơ sở kinh doanh xuất hoặc cung ứng sử dụng phục vụ hoạt động kinh doanh thìkhông phải tính, nộp thuế giá trị gia tăng. Trường hợp cơ sở kinh doanh tự sản xuất, xây dựng tài sản cố định (tài sản cố định tự làm) để phục vụ sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng thì khi hoàn thành, nghiệm thu, bàn giao, cơ sở kinh doanh không phải lập hoá đơn. Thuế giá trị gia tăng đầu vào hình thành nên tài sản cố định tự làm được kê khai, khấu trừ theo quy định. Trường hợp xuất máy móc, thiết bị, khuôn mẫu dưới hình thức cho vay, cho mượn hoặc hoàn trả, nếu có hợp đồng và các chứng từ liên quan đến giao dịch phù hợp, cơ sở kinh doanh không phải lập hóa đơn, tính, nộp thuế giá trị gia tăng.

      Sau đây là các ví dụ cụ thể:

     - Đơn vị A là doanh nghiệp sản xuất quạt điện, dùng 50 sản phẩm quạt lắp vào các phân xưởng sản xuất để phục vụ hoạt động kinh doanh của đơn vị thị đơn vị A không phải tính nộp thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động xuất 50 sản phẩm quạt điện này.

     - Cơ sở sản xuất hàng may mặc B có phân xưởng sợi và phân xưởng may. Cơ sở B xuất sợi thành phẩm từ phân xưởng sợi cho phân xưởng may để tiếp tục quá trình sản xuất thì cơ sở B không phải tính và nộp thuế giá trị gia tăng đối với sợi xuất cho phân xưởng may.

      - Công ty cổ phần P tự xây dựng nhà nghỉ giữa ca cho công nhân ở trong khu vực sản xuất kinh doanh. Công ty cổ phần P không có đơn vị, tổ, đội trực thuộc thực hiện hoạt động xây dựng này. Khi hoàn thành, nghiệm thu nhà nghỉ giữa ca, Công ty cổ phần P không phải lập hoá đơn. Thuế giá trị gia tăng đầu vào hình thành nhà nghỉ giữa ca được kê khai, khấu trừ theo quy định.

- Công ty Y là doanh nghiệp sản xuất nước uống đóng chai, giá chưa có thuế giá trị gia tăng 1 chai nước đóng chai trên thị trường là 4.000 đồng. Công ty Y xuất ra 300 chai nước đóng chai  để phục vụ trong các cuộc họp công ty thì Công ty Y không phải kê khai, tính thuế giá trị gia tăng.

       - Công ty Y là doanh nghiệp sản xuất nước uống đóng chai, giá chưa có thuế giá trị gia tăng 1 chai nước đóng chai trên thị trường là 4.000 đồng. Công ty Y xuất ra 300 chai nước đóng chai  với mục đích  không phục vụ sản xuất kinh doanh thì Công ty Y phải kê khai, tính thuế giá trị gia tăng đối với 300 chai nước xuất dùng không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh nêu trên với giá tính thuế là 4.000 x 300 = 1.200.000 đồng.

        Riêng đối với cơ sở kinh doanh có sử dụng hàng hoá, dịch vụ tiêu dùng nội bộ, luân chuyển nội bộ phục vụ cho sản xuất kinh doanh như vận tải, hàng không, đường sắt, bưu chính viễn thông không phải tính thuế G giá trị gia tăng đầu ra, cơ sở kinh doanh phải có văn bản quy định rõ đối tượng và mức khống chế hàng hoá dịch vụ sử dụng nội bộ theo thẩm quyền quy định.”

         Thông tư 119 cũng sửa đổi, bổ sung khoản 3, 4 Điều 12 về đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng như sau: Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư thì “Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế. Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế”. Bỏ mức khống chế 1 tỷ đồng về tài sản cố định, máy móc, thiết bị… đầu tư, mua sắm của doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập để đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, cụ thể: “ Doanh nghiệp,hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm,nhận góp vốnbằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.

       Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế trực tiếp, cơ sở kinh doanh không phải gửi các hồ sơ, tài liệu chứng minh như dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt, phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt, hóa đơn đầu tư, mua sắm, hồ sơ nhận góp vốn, hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh. Cơ sở kinh doanh lưu giữ và xuất trình cho cơ quan thuế khi có yêu cầu. Trường hợp cơ sở kinh doanh mới thành lập từ ngày 01/01/2014 chưa đủ điều kiện đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư số 219/2013 của bộ tài chính ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, nếu đáp ứng được các điều kiện hướng dẫn tại điểm b, c khoản này thì được áp dụng theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư này”.