Việc xem xét, quyết định hoàn thuế được thực hiện theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Trong quá trình thực hiện, cơ quan thuế phải thực hiện kiểm soát, đối chiếu việc hoàn thuế với phạm vi hạn mức sử dụng Quỹ hoàn thuế được giao. Trường hợp phát sinh số thuế hoàn vượt hạn mức được giao cho địa phương, Cục thuế có trách nhiệm báo cáo về Tổng cục Thuế để xem xét, giải quyết.

Tổng cục Thuế chủ trì, phối hợp với Vụ Ngân sách Nhà nước để thực hiện ứng trước hạn mức sử dụng Quỹ hoàn thuế của quý sau cho cơ quan thuế phát sinh thiếu hạn mức. Trường hợp, thời điểm phát sinh thiếu hạn mức vào quý cuối cùng trong năm thì thực hiện việc điều hòa hạn mức từ nơi thừa sang nơi thiếu. Trường hợp dự toán Quỹ hoàn thuế được duyệt không đủ đảm bảo cho việc hoàn thuế giá trị gia tăng thì Vụ Ngân sách Nhà nước chủ trì phối hợp với Tổng cục Thuế trình Bộ trưởng Bộ Tài chính xem xét, giải quyết theo quy định của pháp luật.

Về quy trình thực hiện chi hoàn thuế từ Quỹ, đối với việc hoàn thuế do Tổng cục Thuế thực hiện, khi nhận được Quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc Quyết định về việc hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước do Tổng cục Thuế gửi và hồ sơ kèm theo, Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, thực hiện kiểm soát chi và làm thủ tục chi hoàn thuế giá trị gia tăng cho đối tượng được hưởng trong phạm vi hạn mức sử dụng Quỹ hoàn thuế đã thông báo cho Tổng cục Thuế.

Trường hợp việc hoàn thuế do Cục Thuế thực hiện, khi nhận được Quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc Quyết định về việc hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước và hồ sơ kèm theo, Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, thực hiện kiểm soát chi và làm thủ tục chi hoàn thuế giá trị gia tăng cho đối tượng được hưởng trong phạm vi hạn mức sử dụng Quỹ hoàn thuế đã thông báo cho Cục Thuế.

Trường hợp số tiền hoàn trả cho người nộp thuế vượt hạn mức, cơ quan Kho bạc Nhà nước thông báo cho cơ quan Thuế cùng cấp để thực hiện theo quy định.

Thông tư cũng lưu ý chậm nhất là ngày 15 của tháng, quý, sáu tháng, năm, Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh có trách nhiệm tổng hợp tình hình thực hiện chi hoàn thuế giá trị gia tăng tại địa phương gửi Cục thuế cùng cấp để tổng hợp báo cáo Tổng cục Thuế; đồng gửi Kho bạc Nhà nước để theo dõi, đối soát.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2014.