Hiện nay, diện tích rừng khoang vùng bảo tồn tại Khu di tích Mỹ Sơn trên 1158 ha, phân bố trên một địa hình phức tạp bao gồm những vùng cận kề hồ đập, đầm sâu, những dãy núi trùng điệp có độ cao trên 730m so với mực nước biển. Nơi còn tồn tại hệ sinh thái động thực vật phong phú với nhiều loại động vật quý hiếm như gà gô chân đỏ, tắc kè bay…, các loại gỗ quý như tràm thị, lim xanh, dẻ đỏ… Tuy nhiên, rừng đặc dụng Mỹ Sơn nằm trong diện có nguy cơ cao xảy ra cháy rừng do nằm trong vùng hoạt động du lịch, trên địa bàn dân cư phân bố đông. Việc xâm hại cảnh quan rừng Mỹ Sơn còn xảy ra phức tạp với nhiều vụ việc như đặt bẫy thú, đốt than, lấn đất trồng rừng…