Trước đó, từ tháng 2, UBND huyện Duy Xuyên tiến hành kè dòng suối với tổng kinh phí 2 tỷ đồng. Dự án có chiều dài thiết kế 266m (kè bờ suối), nạo vét một số đoạn suối bị bồi lấp, trồng cỏ 2 bên suối, xây cầu qua suối cho khách bộ hành… Theo đánh giá của UBND tỉnh, việc bảo vệ chống sạt lở 2 bên bờ suối nhằm đảm bảo an toàn, bền vững của các khu tháp trung tâm (trong đó tháp B3 và B5 đã bị nứt tường) là rất cần thiết, nằm trong nội dung cải tạo xây dựng kỹ thuật hạ tầng của dự án Quy hoạch bảo tồn và phát huy giá trị khu di tích Mỹ Sơn giai đoạn 2008 - 2020 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Tuy nhiên, khi triển khai công việc, UBND huyện Duy Xuyên chưa báo cáo UBND tỉnh và chưa được Bộ VH-TT&DL thỏa thuận là không đảm bảo quy định của Luật Di sản văn hóa và Điều lệ quản lý quy hoạch bảo tồn di tích Mỹ Sơn.
Vì vậy, ngoài yêu cầu phải hoàn trả mặt bằng nguyên trạng, nạo vét trả lại dòng suối tự nhiên… (hoàn thành trước ngày 10.4), UBND tỉnh còn giao Sở VH-TT&DL, UBND huyện Duy Xuyên phối hợp với cơ quan chức năng của Bộ VH-TT&DL để hoàn chỉnh hồ sơ dự án bảo vệ, chống sạt lở 2 bên bờ suối kết hợp quy hoạch chi tiết khu trung tâm. Đồng thời, phải lấy ý kiến tư vấn của các cơ quan chuyên ngành về thủy lợi, thủy văn, giao thông, địa chất… trình cấp có thẩm quyền thỏa thuận, phê duyệt trước ngày 10.5.